מחזור התחזוקה של ריכוז צנטריפוגלי ואקום כולל בעיקר את ההיבטים הבאים:
החלפת מדיום חימום: מומלץ להחליף את המים באמבטיית המים פעם בשבוע, והזמן הארוך ביותר לא אמור לעלות על חודש. השתמש במים מזוקקים ובמים מיובשים כדי למנוע היצירת קנה מידה על קיר אמבט המים. הימנע משימוש בממסים אורגניים כמדיום חימום.
ניקוי ותחזוקה של הרוטור: יש לנקות ולבדוק את הרוטור לפני השימוש ואחריו. לאחר השימוש, יש להשרות אותו ולנקות אותו במים חמים (50 מעלות -60 מידה) וחומר ניטרל, ואז שטיפה במים מזוקקים או במים מיובשים, ולהתייבש ומאוחסנים. אם הרוטור מזוהם או פגום, יש לנקות אותו ולהחליף אותו בזמן.
ניקוי מחט: יש לנקות את המחט לאחר כל שימוש כדי להפחית את הזיהום. ניתן לנקות אותו על ידי שטיפת ממס אורגני, חיטוי בלחץ גבוה ומיצוי Soxhlet.
ניקוי אמבטית מים: כאשר במגע עם חומרים חומציים, קיטור או דגימות, יש לחשוף אותם, יש לנקות אותו מייד, לנטרל עם תמיסת נתרן ביקרבונט מתאימה או פתרונות דומים אחרים ואז לשטוף במים נקיים. מגע ממושך עם חומרים חומציים יפגע במכשיר. נקוט אמצעי הגנה במידת הצורך.
ניקוי כלל: השתמש בבד רך או בנייר דק כדי לנקות את תא הצנטריפוגה, לשמור עליו יבש ונקי. ניתן לחטא את פני הצנטריפוגה עם 70% אלכוהול. יש לנקות את טבעת האיטום בדלת תא הצנטריפוגה כל 3 חודשים. אם יש בלאי או שריטות, יש להחליף אותו מייד.
