המבנה של מקרר מבחן כרומטוגרפיה כולל בעיקר את החלקים הבאים:
System System : זהו החלק הליבה של מקרר הכרומטוגרפיה, המורכב מדחס, הקבל, המאייד, שסתום הרחבה ושסתום סולנואיד. מערכת הקירור משלימה מחזור באמצעות ארבעה תהליכי דחיסה, עיבוי, התרחבות ואידוי כדי להבטיח שהטמפרטורה במקרר יציבה בסביבת הטמפרטורה הנמוכה הנדרשת.
System מערכת בקרת טמפרטורה: ליבת מערכת בקרת הטמפרטורה היא חיישן הטמפרטורה, המדגימה אוטומטית ומפקחת על טמפרטורת הסביבה. כאשר הטמפרטורה גבוהה מערך הקבוע, מעגל הבקרה יתחיל להתאים את הטמפרטורה. המפתח לביצועים של מערכת בקרת הטמפרטורה טמון ברגישות, מספר וחלוקת החיישן, כמו גם באחידות ובדיוק של בקרת הטמפרטורה.
תכנון תעלות איר: תכנון תעלת האוויר משפיע ישירות על יציבות הטמפרטורה והאחידות במקרר. תכנון סביר יכול להבטיח את איזון הכובד הספציפי של אוויר קר ואוויר חם, ליצור זרימת אוויר אחידה ולהימנע מההשפעה של זרימת זרימת טווח קצר ופתיחת הדלת על זרימת האוויר.
System Systeming, מחיצה, מערכת אזעקה ומערכת תצוגה: חלקים אלה מהווים יחד את המבנה החיצוני ואת פונקציות העזר של המקרר. הקליפה החיצונית מגנה על הרכיבים הפנימיים, המחיצות משמשות להפרדת אזורי טמפרטורה שונים, מערכת האזעקה מספקת אזהרות כאשר הטמפרטורה אינה תקין, ומערכת התצוגה משמשת להצגת מידע הטמפרטורה בתוך הארון בזמן אמת.
